故事的主角是十七岁高中生小实，从他遇见怪人方鸿卿说起。方鸿卿是南大文物保护专业研究生，在南京博物院实习的他，无意中在夜半的博物馆中遇见种种怪事：夜半谜样的水迹、辛追尸身的变化、呜咽不止的箫声……千年之后重见天日的六孔箫，竟引来秦朝焚书坑儒时的一段悲惨...